上海市儿童医院是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲儿综合性童医院，前身是由我国著名儿科专家富文寿及现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈于1937年创办的上海难童医院。1954年更名为上海市儿童医院，2003年度正式成为上海交通大学附属儿童医院。医院占地面积1.59公顷，建筑面积约2.5万平方米，核定床位300张，职工780余人，年门诊量逾100万人次，住院病人逾1.5万人次。位于普陀区长风生态商务区的新院将于2010年动工，占地面积约39亩，核定床位550张。

上海市儿童急救中心建立了ICU中央监护网络和新生儿重症网络转运系统；抢救成功率达92%，小于1500克极低出生体重儿成活率85%；小儿肾内科擅长各型小儿疑难肾脏疾病的诊疗和抢救，现有肾脏病实验室、肾穿刺室、腹透和血液透析室，非麻醉下婴儿肾穿刺成功率99.5%。泌尿外科能完成先天性泌尿生殖系统畸形、复杂的肾、膀胱、输尿管梗阻、泌尿系统肿瘤及尿道外伤等各种高难度小儿泌尿外科手术。骨科开展对儿童各类先天性畸形及大脑瘫痪后遗症的矫治、四肢创伤骨折的整复和治疗、骨关节的遗传性代谢性疾病和骨肿瘤等治疗。其次，还拥有本市第一家儿童矫形支具制作室，对特发性脊柱侧弯、先天性马蹄内翻足、儿童扁平外翻足及四肢先天性畸形等疾病，用矫形支具进行治疗，取得了良好的效果。心内科于1978年开展了心导管及造影术，至今已成功进行数千例，1983年起在国内率先开展心脏介入治疗，曾获卫生系统科技进步三等奖。近年来，开展心内电生理检查和射频消融术，取得了一定的成绩。还擅长于对川崎病、儿童类风湿性关节炎等疑难杂症的诊治。

著名科学家、中国工程院院士曾溢滔教授领衔的上海医学遗传研究所，成立于1978年，是卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室和上海市胚胎和生殖工程重点实验室。该所在血红蛋白疾病、基因诊断、基因治疗和转基因动物制药等方面的研究取得了重大成果。近年来将转基因工程与胚胎工程有机地结合，已成功培育出我国第一头乳汁中表达人凝血因子Ⅸ蛋白的转基因山羊和国际上首例整合了人血清蛋白基因的转基因试管牛，在1998、1999连续两年被评为中国科技十大进展之一。

上海市儿童保健所是全市儿童保健业务指导中心，开设营养性疾病的咨询与诊治，口腔保健，听力及弱视筛查，智力测试，智力低下和学习困难门诊等。上海市儿童康复中心，主要收治脑炎后遗症、神经性偏瘫、视神经萎缩、各类型小儿脑瘫和心肌炎等各种原因引起的运动功能障碍及缺血缺氧性改变的患儿。新生儿筛查中心承担全市新生儿各项筛查项目。